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为深入贯彻落实习近平总书记“要把水源区的生态环境保护工作作为重中之重，划出硬杠杠，坚定不移做好各项工作，守好这一库碧水”的重要指示精神，进一步加强丹江口水库水域岸线管理保护，2021年11月起，水利部依托河湖长制，组织开展守好一库碧水专项整治行动，相关地方党委政府狠抓落实，扎实推进，专项行动取得明显成效。
按照水利部部署要求，库区所在河南、湖北两省对丹江口水库存在的非法侵占水域、占用岸线等问题进行全面自查。同时，水利部通过卫星遥感、无人机航拍、现场巡查等方式，将排查出的疑似问题推送地方进一步调查核实，确保问题不遗漏。2022年3月，水利部派出工作组，重点选取对防洪（库容）、水质存在不利影响的121个项目开展现场复核。根据复核情况，印发《水利部办公厅关于加快清理整治丹江口库区违法违规问题的函》，明确清理整治原则和要求。对照清理整治标准，两省组织对相关市县报送完成整改的项目开展全覆盖复核。水利部组织长江水利委员会开展5轮次现场抽查，基本实现所有项目整改验收全覆盖。
截至2022年6月底，两省共完成问题整改886个，主要包括线下及孤岛建房、筑坝拦汊、违规养殖、涉河建设项目未批先建等问题。专项行动以来，累计拆除违法违规建构筑物23.38万平方米、网箱2.44万平方米、拦网22.90千米、堤坝24.20千米，恢复岸线22.50公里、防洪库容1724.42万立方米，复绿库岸82.13万平方米，专项行动取得明显成效。
通过清理整治，拆除了一批影响防洪安全的筑坝拦汊、违规建房等问题，恢复了防洪库容，保障了防洪安全；清理取缔了一批影响水质的网箱养殖、拦网养殖、筑塘（坝）养殖、大棚种植等问题，修复了水环境，保障了水质安全；一大批长期侵占库区岸线的“老大难”问题得到有力解决，起到了重要的宣传和警示作用，侵占水库的行为得到有效遏制，共同“守好这一库碧水”的良好氛围逐步形成。